이에 대해 참여연대가 정부의 결단을 환영한다는 의견을 냈다.
참여연대는 일단 이번 결정이 정부가 병역거부자들의 인권을 보호하고 현 복무방법의 대체수단을 마련하라는 안팎의 요구를 수용해 대체복무제의 물꼬를 열었다는 점에 의미를 부여했다.
한편 참여연대는 대체복무 허용대상을 종교적 사유에 따른 병역거부자에 한정하고, 병역거부에 대한 징벌로 복무기간을 현역병의 2배로 늘려 최소한의 인권보호라는 명분을 퇴색시킨다는 것 등에 대한 아쉬움도 나타냈다.
또 정부와 국회가 병역거부자들의 대체복무 법제화에 조속히 나서고 징벌이 아닌 합리적인 수준의 대체복무가 이루어지도록 그 방안을 모색해야 한다고 주장했다.
더불어 이번 대체복무제 허용 결정이 소수자의 인권보호와 무조건적인 병역의 의무를 둘러싸고 벌어졌던 기존의 소모적인 논쟁을 뛰어 넘어 법제화를 통한 문제해결의 단계로 진입하는 계기가 되어야 한다고 의미를 부여했다.
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